Er is in het waddengebied grote kritiek op de Agenda voor het Waddengebied 2050. Vanuit onder andere natuurorganisaties en landbouworganisaties leven er grote zorgen over de Agenda. Voor de Waddenvereniging is die kritiek zo groot dat ze de Agenda niet gaat tekenen. Eén van de kritiekpunten is het ontbreken van een duidelijke koers.

Negatieve effecten
Het gaat slecht met het wad. Het waddengebied wordt intensief gebruikt voor gas- en zoutwinning, scheepvaart en vaargeulonderhoud, industrie, visserij, recreatie, energieopwekking en het aanleggen van kabels en leidingen. Daarnaast is er extra druk van de effecten van klimaatverandering op de Wadden. Nu zijn dat vooral de effecten van de stijgende temperatuur, die het water inmiddels 1,5 graad Celsius heeft opgewarmd.

Zoet en zout water
De Waddenzee is de afgelopen eeuwen steeds verder ingepolderd en de dynamiek van golven, wind en getij wordt ingeperkt door dammen en dijken. Zeearmen zijn afgesneden en de natuur in de laatste natuurlijke zoet-zoutovergang, de Eems, is in een slechte staat. Dit terwijl de menging van zout en zoet water enorm belangrijk is voor de natuur. Dan zijn er meer dieren, meer soorten dieren en wordt er veel voedsel geproduceerd. De Waddenzee heeft meer ruimte nodig en de druk op natuur en landschap moet omlaag. Technisch zijn er volgens de Waddenvereniging goede mogelijkheden om zoet en zout slim te verbinden, zodat natuur en landbouw allebei prima uit de voeten kunnen.

Grabbelton aan belangen
Volgens de Waddenvereniging bevat de agenda voor het Waddengebied 2050 geen duidelijke koers. De hoofddoelstelling: ´een duurzame bescherming en ontwikkeling van de Waddenzee als natuurgebied en het behoud van het open landschap´, wordt volgens de vereniging niet gehaald. Er is geen sprake van een gestructureerde aanpak gericht op deze hoofddoelstelling. Alle sectoren hebben wensenlijstjes ingevuld. Volgens de Waddenvereniging is er sprake van een grabbelton aan belangen en men heeft daarom besloten de Agenda niet te steunen.